Bei der Koan-Meditation geht es darum, durch die Beschäftigung mit einem Koan, einer Art Rätsel, gedankliche Grenzen zu überschreiten, um dahinter die wahre Natur aller Dinge zu erkennen.
Der Koan ist eine in sich paradoxe Kurzgeschichte, die ein Meister seinem Schüler zu lösen aufgibt. Dieser wird zunächst versuchen, die Antwort mit dem Verstand zu finden. Erst wenn sich sein Denken irgendwann erschöpft hat, wird er andere Lösungsmöglichkeiten in Betracht ziehen. So wird er sein strukturelles Denken, seine subjektiven Bewertungsmaßstäbe und sein „schlaues Reden“ aufgeben, den Geist leer machen und nach und nach Instinkt und Intuition wiederentdecken. Er wird die Wahrheit hinter seiner Wahrheit entdecken und die tiefste Quelle menschlichen Daseins berühren.

Koan-Beispiele:
Ein Mönch fragt seinen Meister: „Wie kann ich in Zen eintreten?“ Der antwortet: „Hörst Du das Murmeln des Baches?“ Darauf der Mönch: „Ja, Meister.“ Der Meister: „Dort ist dein Eingang.“
Darauf erwidert der Mönch: „Was wäre, wenn ich nein gesagt hätte?“
Der Meister schweigt. Der Mönch glaubt, das Gespräch sei zu Ende, und wendet sich zum Gehen. Da ruft der Meister: „Mönch!“
Der dreht sich um: „Ja, Meister?“
Meister: „Tritt von dort aus ein ...“

Eines Tages begegnete der Meister Hotei einem Zen-Mönch. Dieser fragt ihn: „Was ist die Bedeutung des Zen?“ Hotei ließ sofort als stumme Antwort seinen Sack auf den Boden fallen.
„Sag mir bitte, worin besteht die Verwirklichung des Zen?“ fragte der Mönch erneut.
Sofort ergriff der lachende Buddha seinen Sack, warf ihn sich über die Schulter und ging seines Weges, ohne sich noch einmal umzuschauen.